Obszar Nadleśnictwa jest bardzo ciekawy przyrodniczo.

Zwarty kompleks leśny, położony na wschód od Miłomłyna zlokalizowany jest na rozległym sandrze. Sandr zajmuje teren równinny, miejscami falisty, ze zbiornikami wodnymi i torfowiskami. Pozostałą cześć obszaru stanowią utwory morenowe, których charakterystyczną cechą jest bardzo urozmaicona rzeźba terenu – od kilkudziesięciometrowej wysokości pagórków po głębokie rynny polodowcowe i jary wyżłobione przez wody odpływowe.

Nadleśnictwo położone jest w dwóch zlewniach: Wisły oraz Zalewu Wiślanego. W obszarze wymienionych wyżej zlewni występują cieki o znaczeniu lokalnym i ponadlokalnym jak rzeka Drwęca, płynąca południowymi obrzeżami obrębu Miłomłyn. W zasięgu jego granic występuje 37 jezior; dużych – typowo rynnowych, małych - niekiedy mocno zeutrofizowanych, wiele z nich oficjalnie nienazwanych.

Przez lasy Nadleśnictwa przebiegają cztery kanały:

·         Elbląski – łączący Jezioro Drwęckie z Jeziorem Ruda Woda

·         Iławski – łączący Kanał Elbląski z Jeziorem Jeziorak

·         Bartnicki – łączy Jezioro Ruda Woda z Jeziorem Bartężek

·         Ostródzki – łączy Jezioro Szeląg Wielki z Jeziorem Pauzeńskim

Dominującymi typami gleb są gleby rdzawe właściwe i rdzawe bielicowane. Dość znaczącą powierzchnię zajmują też gleby brunatne właściwe i brunatne wyługowane.

Z budową geologiczną ściśle związane są szata roślinna i świat zwierzęcy, tworzące razem całą gamę przeróżnych ekosystemów.